Eu não acho que haja alguma desvantagem disso.
De qualquer forma, é inútil hibernar uma máquina virtual. Acho que tanto a hibernação quanto a suspensão de trabalhos paralelos fazem um instantâneo da RAM da máquina virtual. E a solução posterior é muito mais rápida. Você deve definitivamente usar "suspender a função do paralelo" em vez da hibernação do sistema operacional convidado.