Como afirmado nos comentários da outra resposta sugerindo o uso do ATTO Disk Benchmark, não tenho como analisar o desempenho do ext2 (com o ext2 IFS para Windows) no meu pen drive.
Então eu tentei: formatei o uso do ext2, coloquei o perfil do meu Firefox no pen drive e fiz um pouco de navegação.
Surpreendentemente, o ext2 se comporta MUITO melhor que o FAT32, NTFS ou exFAT. Usando um desses três sistemas de arquivos eu tive constante congelamento e falta de resposta ao usar o Firefox. Usando ext2 ainda existem alguns gaguejos, mas no geral é muito mais utilizável que os outros. Não faço ideia do porquê.
Marcaremos isso como aceito, a menos que alguém encontre uma resposta melhor (outro software para avaliar o desempenho do sistema de arquivos ou uma explicação do motivo pelo qual o ext2 seria melhor).