Não sou especialista em HFS, mas examinei sistemas de arquivos NTFS e ext3. Parece que você deveria considerar duas coisas.
Primeiro, os sistemas de arquivos ext2 / 3/4 pré-alocam as áreas no disco para armazenar metadados de arquivos (permissões, propriedade, os blocos ou extensões que compõem os dados do arquivo). Eu não acho que o NTFS faça. O equivalente a um ext3 "inode" é o registro $ MFT. É meu entendimento que os registros $ MFT não são necessariamente alocados quando você cria um arquivo. $ MFT pode ser cultivado, se necessário. É muito mais difícil aumentar o número de inodes em um sistema de arquivos ext2 / 3/4.
Eu não estou a par de qualquer parte interna do NT, mas tudo lê como os registros $ MFT são criados conforme necessário, então você pode ter arquivos pequenos, diretórios, arquivos grandes intercalados.
Para sistemas de arquivos no estilo BSD FFS, o que os sistemas de arquivos ext2 / 3/4 definitivamente possuem, muitos foram dedicados ao agrupamento de inodes em disco e a separação dos arquivos de diretório dos inodes. Muito foi dedicado a escrever diretórios e metadados de forma eficiente e segura. Veja: link como um exemplo.
Segundo, os dados para arquivos pequenos são mantidos nos registros $ MFT, se eu ler as coisas corretamente. Isso não é verdade para o ext2 / 3/4, e é por isso que mencionei acima que arquivos pequenos e arquivos grandes são tratados de maneira um pouco diferente.
Parece-me que o NT (o sistema operacional) está sofrendo de contenção por $ MFT. Os diretórios são atualizados, o que é uma atualização de registro de $ MFT. Arquivos pequenos são criados, o que é uma atualização do $ MFT. O sistema operacional não pode ordenar leituras e gravações de forma eficiente, porque todas as atualizações de metadados e as gravações de dados vão para o mesmo "arquivo", $ MFT.
Mas, como eu disse, apenas um palpite. Meu conhecimento de NTFS é principalmente de leitura e apenas um pouco de experimentar com ele. Você poderia checar meu palpite vendo se o HFT mantém os "diretórios" separados dos "inodes" separados dos "dados do arquivo". Se isso acontecer, isso pode ser uma grande dica.