Este é o recurso Arquivos conectados de 2000 e XP e versão posterior do Windows. As regras são bastante simples, se você fizer uma alteração em um arquivo .htm ou .html, e houver uma pasta no mesmo diretório com o mesmo nome, a ação também será executada nela.
Você pode renomear a pasta ou o arquivo html primeiro, e você será avisado que está desconectando o html e a pasta. Depois disso, você pode excluir a pasta ou o arquivo.
Para desativar esse comportamento, você pode criar essa chave do Registro:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer
Value: NoFileFolderConnection
Value Type: REG_DWORD
Value Data: 1