Criptografe o disco inteiro em vez de partions. Ao abrir o gerenciador de unidades, isso fará com que o Windows "ofereça" para inicializar (e adicionar letra de unidade) os discos que não foram inicializados. Para isso, você deve, claro, clicar em cancelar. Esses discos não inicializados não terão letra de unidade e, quando montados no Truecrypt, ocuparão apenas uma letra de unidade por disco.
No gerenciador de unidades, você também tem a opção de alterar a letra da unidade em discos e volumes. Teoricamente, você também tem a opção de escolher alterar e, em seguida, remover a letra da unidade. Eu não testei esta opção, então aconselho strongmente que você faça um backup do conteúdo antes de testá-lo.