Faça a cópia do arquivo (aquele que você criou) que você deseja manter e exclua aquele que não está aparecendo. Então, aceite o capricho que você descobriu no Windows 7. Espero que isso nunca aconteça novamente. :-)
Seria bom saber por que ele não está sendo exibido, mas meu palpite é que, independentemente dos índices, ele acompanha as pastas & os arquivos na biblioteca não marcaram a existência do arquivo (por qualquer motivo aleatório / com bugs).