Eu só fiz isso uma vez, eu instalei o Linpopup que é basicamente um clone de winpopup para Linux que pode receber / enviar mensagens através do protocolo net send / winpopup.
Há um guia para instalá-lo aqui.
Página oficial do Linpopup -
LinPopUp
Uma porta Linux Enhanced do Winpopup.
LinPopUp é uma porta gráfica do Xwindow do Winpopup, rodando sobre o Samba. Ele permite se comunicar com um computador Windows que executa o Winpopup, enviando ou recebendo mensagens. (Ele também fornece uma maneira alternativa de se comunicar entre os computadores Linux que executam o Samba). Observe que o LinPopUp não é apenas uma porta, pois inclui vários recursos aprimorados, como:
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Não precisa sempre ser executado: Se você fechá-lo, ele continuará recebendo todas as mensagens enviadas para você. Você pode até mesmo sair do Xwindow e ainda receber mensagens. Na verdade, a única maneira de perder uma mensagem que foi enviada para você é desligar o computador.
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Gerenciamento completo da base de mensagens: As mensagens são mantidas de sessão para sessão. Você sempre recuperará uma mensagem que foi enviada para você, ... se você não a tiver excluído.
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Pode ser executado minimizado: Ele será gerado automaticamente toda vez que uma nova mensagem chegar.
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E muitos outros recursos: Recursos completos do editor de mensagens - Prancheta passada & cut - Todos os documentos que você precisa - Fácil instalação - ...