Eu peguei o seguinte de link
//Make sure rxvt is part of your Cygwin install, and update your C:\cygwin\cygwin.bat to this:
@echo off
C:
chdir \cygwin\bin
start rxvt -sr -sl 10000 -fg white -bg black -fn fixedsys -fb fixedsys -tn cygwin -e /bin/bash --login -i
Como os arquivos bat podem receber parâmetros, não sei se você deseja passar o diretório atual no tempo de chamada ou apenas um diferente, mas a linha chdir
acima é o que você deseja alterar. Para configurar no momento da chamada (ex. Cygwin.bat C: \ code)
@echo off
C:
chdir %1
start rxvt -sr -sl 10000 -fg white -bg black -fn fixedsys -fb fixedsys -tn cygwin -e /bin/bash -login -i
É claro que você precisaria de lógica if if else no parâmetro se você quisesse implementar as duas opções, definindo um diretório padrão e também tivesse a opção de especificar o dir na hora da chamada.