O Mozilla Thunderbird é construído na Plataforma de Desenvolvimento da Mozilla e tem o mesmo recurso de Extensões de Complemento que o Mozilla Firefox tem.
Eu não acho que haja uma maneira de fazer o que você quer fazer de forma nativa, mas se você sabe como construir uma extensão do Firefox, você poderia olhar para construir uma extensão do Thunderbird que poderia monitorar sua pasta e sempre marcar as mensagens como não lida.
As Extensões do Thunderbird ampliam a funcionalidade do aplicativo, oferecendo aos programadores a capacidade de adicionar funcionalidade adicional a ele usando a arquitetura de complementos, que é semelhante à maneira como os plug-ins funcionam.
Aqui está o centro de recursos para a criação de extensões do Thunderbird: link