Como você está ouvindo apenas no ipv6, o php deve ter percebido isso e está fazendo uma conexão ipv6.
O HeidiSQL talvez não suporte o ipv6 e está tentando se conectar ao mysql no ipv4 e está falhando. Se você alterar sua bind-address
na seção my.cnf
mysqld para
bind-address=127.0.0.1
ele deve corrigir isso.