logout
é um comando interno do shell. Então, geralmente a resposta é dependente do shell.
De man bash
:
logout
– Exit a login shell.
De man zsh
:
logout [ n ]
– Same as exit, except that it only works in a login shell.
Então, são completamente iguais, mas o logout simplesmente se recusará a funcionar para shells que não sejam de login. O que é um shell de login pode ser lido em páginas de manual.