logout é um comando interno do shell. Então, geralmente a resposta é dependente do shell.
De man bash :
logout– Exit a login shell.
De man zsh :
logout [ n ]– Same as exit, except that it only works in a login shell.
Então, são completamente iguais, mas o logout simplesmente se recusará a funcionar para shells que não sejam de login. O que é um shell de login pode ser lido em páginas de manual.