O seguinte deve substituir todos os caracteres não permitidos em nomes de arquivos por sublinhados. Observe que isso pode fazer com que vários arquivos sejam renomeados para a mesma coisa. Por exemplo, se você tivesse dois arquivos chamados file>/txt e file<.txt , ambos seriam renomeados para file_.txt e um substituiria o outro, excluindo-o.
find /path/to/ntfs/mount/ -print0 | xargs -0 rename 's{[\:*?"<>|]}{_}g'
Este comando é válido para a versão perl de renomear, que é o que o Debian fornece. Sua distro pode fornecer uma versão de renomeação com uma sintaxe ligeiramente diferente.