Isso não cobre o caso ideal, mas permite que você sincronize as duas bibliotecas:
A ferramenta Unison pode sincronizar dois diretórios em dois sentidos (!). Então você pode correr em uníssono em casa para copiar todas as suas músicas para o disco portátil. Em seguida, vá para o escritório e sincronize o disco com sua coleção (copiando a nova música do escritório para o disco e vice-versa). Em casa, você pode sincronizá-lo novamente e colocar sua nova música no escritório no seu PC doméstico.
Com relação à sua segunda pergunta: Não sei o que mais o unison pode fazer, mas sei que você pode permanentemente ignore diretórios durante a sincronização.