EDITAR:
Ok, aqui está a limpeza dessa bagunça:
awk 'BEGIN { RS=""; FS=/\x78\xda/ } { for (i = 1; i <= NF; i++) print $i > i }' YOUR_BIN_FILE
O RS vazio ainda pode estar causando resultados inesperados, pois gera registros independentes em linhas em branco. Na verdade, é difícil contornar a divisão de um arquivo em registros. Uma maneira de resolver isso é definir o separador de registro para algum padrão que não esteja presente no arquivo. Outra maneira seria separar os registros por 78da e processar todos os registros.