A resposta para isso é usar o Testdisk ( link ) e recuperar as partições. Eu deletei no Gerenciamento de Disco do Windows primeiro (tentei deletar um deles, esperando que o outro ficasse e que eu pudesse me recuperar dele, ele apagou os dois.) O Testdisk pode então recuperar as partições nas duas unidades, elas agora aparecem como duas partições separadas. A vida é boa novamente.