Não faça isso. A mudança de espaços de trabalho é uma operação lenta e pesada.
A "decisão de design" no Eclipse é que cada desenvolvedor possui uma área de trabalho, que contém todos os seus projetos. O recurso destinado a alternar entre grupos de projetos relacionados é Working Sets, talvez em combinação com Perspectives, se os vários conjuntos de trabalho exigirem diferentes layouts de ferramentas.
A única boa razão pela qual posso pensar em usar vários espaços de trabalho seria se projetos diferentes exigissem uma versão ou configuração totalmente diferente do Eclipse. Então, sim, você provavelmente precisaria de um espaço de trabalho separado para cada instalação. (Mas você não alternaria entre eles na mesma cópia do Eclipse!)
A maioria das configurações do Eclipse é armazenada na pasta .metadata da raiz do espaço de trabalho. Se eu tivesse para usar vários espaços de trabalho por algum motivo, provavelmente criaria um script ant ou um arquivo de lote (ou shell script, dependendo da plataforma), que copia meu arquivo .metadata do meu "main" espaço de trabalho nos outros e conecte-o ao menu de compilação no Eclipse. Você pode até mesmo criar um lançamento customizado para o Eclipse que copie o .metadata em um espaço de trabalho e, em seguida, ative o Eclipse apontado nesse Espaço de trabalho.