No momento em que seu limite é atingido, você não pode fazer nada, exceto a solução que você forneceu (peça a outro usuário para matar seus processos).
Para evitar isso no futuro, você precisará descobrir qual limite é realmente alcançado e, em seguida, o limite para o seu processo um pouco menor que o máximo (usando ulimit). Você também pode considerar o uso de cgroups (grupos de controle do Linux) para isolar seu processo de forma que ele não consuma todos os recursos.