O encaixe do Notepad ++ é bastante primitivo se comparado com, digamos, o Visual Studio ou o MATLAB.
Não é possível para janelas encaixáveis reais, mas você pode simulá-las parcialmente arrancando as janelas (arraste a barra de título até que um contorno da janela apareça) e organizando as janelas flutuantes.
Para evitar perda acidental se as janelas forem movidas, você poderá fazer o backup do arquivo config.xml.