Pode ser que o programa do jogo não tenha sido fechado e ainda esteja causando problemas de segundo plano.
De Solucionar problemas com o Windows Aero :
Some older programs might be incompatible with Aero. When you run the program, Aero might stop working for as long as the program is running. Closing the program should restore Aero. To avoid this problem, check with the manufacturer of the program to see if there is a version available that is compatible with Windows Vista.
E outra possibilidade:
If you are running the Power saver plan, Windows sometimes turns off transparency automatically. If you don't want this to happen, you can switch to the Balanced power plan.
Você também pode verificar o driver da placa de vídeo no site do fabricante (não na atualização do Windows).
EDITAR
Encontrei um artigo interessante: Meu vidro Vista Aero se desligou, como faço para ativá-lo novamente?
Ele lista mais alguns casos que você gostaria de verificar, mas o texto que você achar mais frustrante é:
When Windows Vista detects that your computer is running too slowly for Aero, it will automatically disable it. Normally once you close out of some applications everything goes back to normal, but sometimes you get “stuck” with the Vista Basic theme, and have to go in and enable it again.
Isso significa que seu jogo tomou muitos recursos para manter o Aero, e o Windows só fica no modo básico depois.
Para mais atalhos para ativar o Aero e a transparência, consulte: