Devido às limitações do ambiente cygwin, recomendo usar uma máquina virtual (foi o que fiz no passado). Configure o ambiente Linux que você está acostumado a usar (com ou sem X) usando o Virtual Box ou alguma alternativa e, em seguida, conecte o seu adaptador SD Card. No VirtualBox, você pode ativar o acesso nas configurações da VM - > USB - > Ative o controlador USB e adicione o filtro apropriado para o seu adaptador de cartão SD. Você deve então poder acessar o sdcard como o (s) arquivo (s) de dispositivo de bloco esperado em / dev e executar fsck.