Eu presumo que você esteja invocando o Putty em uma máquina Windows e usando-o para conectar-se a alguma máquina UNIX.
Se esse for o caso, você não pode fazer o que deseja, porque a massa é como um thin client que lhe dá acesso ao terminal.
Eu sugiro que você instale o cygwin
usando o que pode ajudá-lo com a funcionalidade do Putty e também permitir que você use o SCP.
Dentro de cygwin
você pode fazer algo como
scp -r <user>@<remoteHost>:<pathtofile>/<fileName> <localfilename>