Sua placa de som faz isso. Basta abrir o applet de controle de volume e mover o canal "Line in" na parte superior (talvez seja necessário ativar o slide de configuração do canal para que não fique oculto).
Tente também abrir o console (terminal do gnome) e iniciá-lo:
$ alsamixer
Você obterá um controle de volume de linha de comando. Encontre "Line in" pressionando → , e segure ↑ até atingir 100%. Verifique também a parte inferior do controle deslizante: se "MM" estiver lá, o canal será silenciado. Pressione a tecla M e ela será ativada.
Felicidades!