Das respostas atuais, aquelas sobre serviços no nível do sistema e hardware, as mais pertinentes à sua pergunta. Se você acha que sua pergunta foi respondida, por favor, aceite uma delas. :)
Eu acho que da sua pergunta que você está perguntando em relação à instalação de um novo software que lhe diz para reiniciar (ou como você pediu, "para que certas configurações entrem em vigor")
Um pequeno utilitário que usei no passado é o WhyReboot da Exodus Software. Ele consulta a lista de registros de PendingFileOperations, que geralmente inclui a exclusão de arquivos de instalação temporários ou a renomeação de arquivos temporários para o destino final (porque o destino final está em uso no momento).
Muitos (mais?) instaladores são escritos de forma preguiçosa. Muitas vezes, um instalador informa que você deve reinicializar, mesmo que não seja necessário. É apenas "mais fácil" para o desenvolvedor aplicar essa responsabilidade ao usuário, em vez de determinar manualmente quais serviços devem ser parados, para que os arquivos em uso possam ser trocados por sua versão mais recente (por exemplo).
Portanto, salvo quaisquer serviços que realmente precisem ser reiniciados (ou qualquer hardware que precise ser reinicializado, o que é obviamente menos comum), o utilitário permite que você escaneie a lista e veja quais operações de arquivo estão pendentes, e você pode decida por si mesmo se você quer ir com uma reinicialização completa, ou se você simplesmente quer reiniciar todos os serviços que você conhece são afetados.
Em última análise, a decisão à prova de falhas é apenas reiniciar. Mas talvez você tenha algo correndo que não deveria ser parado. Ou talvez sua máquina leve muito tempo para ser reiniciada, e vale a pena verificar se você acha que é realmente necessário.
Não me preocuparei em citar todo o texto do produto, mas isso explica toda a lógica por trás da ferramenta. Vale a pena ler, se você está interessado em tudo.