Atualizar o Ubuntu está perfeitamente bem.
A única característica importante que você pode perder é o EXT4. Se os seus sistemas de arquivos atuais forem EXT3, você poderá convertê-los para EXT4, mas eles não obterão alguns dos benefícios (extensões que me lembro) de um EXT4 fs recém-criado. Você ainda poderá criar novos EXT4 fs com todos os recursos do EXT4.
Se você instalou um número horrendo de pacotes de terceiros a partir de repositórios externos ou .debs ou fonte, você pode ter problemas com esses pacotes, mas o sistema principal ainda deve estar bem. Este é, na verdade, o único cenário que deve impedir o uso da opção de atualização.
Embora seja principalmente um requisito para fazer uma nova instalação com o Windows e até mesmo algumas distribuições Linux, o Ubuntu não é um deles.
E, sim, use o gerenciador de atualização conforme recomendado.
E, sim, espere alguns dias ou uma semana ou duas antes da atualização. Enquanto isso está em beta há algum tempo, e muitos erros são resolvidos, haverá mais logo após o início da adoção em massa.