Ao perceber que essa resposta está desatualizada, tive o mesmo problema. Win 7 64 bit com início súbito de inicialização muito lenta até o ponto de inicialização estava falhando completamente, mas de forma intermitente. Pode levar 20 minutos para conseguir uma inicialização "estável" e, mesmo assim, qualquer entrada ficou muito lenta. Eu li algumas idéias, como editar o regedit para alterar HKEY_LOCAL_MACHINE \ SYSTEM ...
Para encurtar a história, meu drive c é um WD 1002 ... 1TB. Eu tinha cerca de 360GB e tentei desfragmentação radical sem sucesso, embora parecesse funcionar uma vez. Depois que o computador finalmente reinicializou após cinco tentativas mal-sucedidas, comecei a mover muitas coisas para outra unidade apenas para salvá-lo, encerrando com apenas 100 GB de programas e arquivos sem dados.
Eu então fiz a desfragmentação e otimizei os arquivos residuais usando o Ausilogics, e fiz uma imagem de volta usando o Macrium Reflect. Tentativas anteriores de salvar a unidade usando o Macrium Reflect foram rastreadas em 1-4 MB / s. Desta vez, foi de > 650 Mb / se levou apenas cerca de 30 minutos para ser concluído. Minhas tentativas anteriores continuaram por horas e depois falharam.
Eu não usei a opção regedit. Acabei de remover um monte de arquivos e, em seguida, defraged e otimizou o resto e agora está inicializando e funcionando como novo. Nesse meio tempo, comprei outro WD 1002, imaginando que esse era o problema, mas acho que vou mantê-lo como backup, já que tudo está funcionando como está.
Enfim, essa é a minha história. Espero que ajude alguém. Soa muito parecido com um problema semelhante.
PS - chkdsk não encontrou problemas. no entanto, o disco começou a ficar instável e piorou ao longo de um período de dois dias com tentativas de backups sendo executados a 1-3 Mb / se, em seguida, falhas repetidas e de finalização para inicializar janelas. Agora, com o acima, tudo é 100% de volta ao normal. Eu ainda suspeito que poderia haver um problema com a unidade, no entanto, e estou feliz que agora tenho um novo backup apenas no caso - e uma imagem recente que está funcionando bem. Eu odeio quando tenho que reinstalar o Windows e recarregar todos os programas do zero.