Parece que seu disco USB está formatado usando uma tabela de partição GUID (GPT); a partição EFI é uma parte padrão de como o OS X formata discos com o GPT, portanto, ele provavelmente não deve ser removido. O que eu suspeito que você realmente quer, no entanto, é substituir o GPT por uma tabela de partição de registro mestre de inicialização (MBR).
Para mudar isso no OS X, você precisa reformatar (apagar) o disco usando o Utilitário de Disco. Na barra lateral, selecione o disco. Certifique-se de selecionar a entrada do dispositivo de disco, não o volume; o volume será recuado abaixo da entrada do disco na barra lateral. As informações sobre o disco selecionado serão listadas na parte inferior da janela do Utilitário de Disco, incluindo o esquema de partição. Se for GUID Partition Table (ou GUID Partition Map), você precisará apagar o disco. Se diz Master Boot Record, algo estranho está acontecendo porque a partição EFI não deveria existir sob isso. Se ele diz algo sobre o MS-DOS ou o Windows, você tem o volume selecionado em vez do disco; tente novamente.
Supondo que este é o problema, você pode apagar o disco (novamente, certifique-se de ter o disco, não o volume selecionado; também é o disco certo!). Haverá um menu pop-up "Format": escolha "MS-DOS (FAT)". Se você estiver usando o El Capitan, também haverá um menu pop-up "Scheme" (Esquema): escolha "Master Boot Record" (as versões mais antigas assumem isso automaticamente com base na opção do MS-DOS). Isso deve te dar um disco com um único volume FAT32, sem partição EFI.
Observe que, se você apagar apenas o volume, não todo o dispositivo de disco, ele deixará o esquema de partição sozinho e a partição EFI oculta ainda estará lá. Você deve apagar o disco inteiro!