Em primeiro lugar, qual versão do Ubuntu você está usando? Em 11.10 (e provavelmente em 11.04 e em 12.04) o alternador alt-tab agrupa as janelas por padrão.
De qualquer forma, se você estiver procurando dar ícones individuais às instâncias de terminal, duvido que isso seja possível, além de invadir o Unity. Se você está apenas olhando para mudar o terminal, eu acredito que você pode localizar sua pasta de ícones (às vezes em / usr / share / icons, outras vezes em ~ / .icons) e colocar em uma imagem personalizada "terminal" do nome apropriado e deve entrar em vigor na próxima vez que você fizer login.
Isso resolve seu problema?