Definindo o limite de largura de banda no apt-get, que ainda é o que o software do Ubuntu Center e o Synaptic usam para obter pacotes (acredito) é bastante simples. Se você entrar no diretório /etc/apt/apt.conf.d você pode adicionar o Acquire :: http :: Dl-Limit "70"; ("70" sendo o kb / s) em qualquer parte do apt que você escolher.