Which of the following looks more like a *nix directory structure to you?
Eu suspeito que as principais distribuições dos dias de hoje estão mais preocupadas com a pergunta "qual dos seguintes itens é o mais fácil de usar?" Distribuições Linux como Fedora e Ubuntu estão tentando atrair usuários não-programadores, e coisas assim são um bom passo nessa direção.
bin
, lib
, tmp
, usr
, etc. geralmente não são expostos a usuários médios (ou seja, "minha mãe"), portanto, deixá-los abreviados não prejudica a usabilidade. O diretório pessoal, no entanto, é algo que todo usuário vai encontrar, então faz sentido tê-lo facilmente legível por humanos.