Eu definitivamente usaria a compactação integrada do NTFS (que é o que você está vendo no Windows 7) em um utilitário de compressor de nível de arquivo como o 7zip. Isso será muito mais fácil de se trabalhar porque a compactação / descompactação ocorre sem problemas em leitura / gravação e você não precisa se preocupar com arquivos corrompidos ou usar utilitários de terceiros para navegar pelo conteúdo.
No que diz respeito à maneira como a compactação do NTFS se compara a outros métodos de compactação do sistema de arquivos, não tenho certeza. Se você quiser ficar com o Windows 7 sem instalar outros sistemas de arquivos, eu diria que o NTFS será a sua aposta mais indolor.