A única maneira de carregar seus programas de inicialização é fazer logon com sua conta de usuário. Se você quiser fazer login automaticamente quando o computador for iniciado, há instruções aqui:
Como ativar o logon automático no Windows 7Se você está preocupado com a segurança (eu estaria), você pode adicionar um programa de inicialização que bloqueará a tela:
Comando de linha de comando (cmd) bloquear uma máquina com o Windows
Dessa forma, seu computador será iniciado, sua conta de usuário fará o login e a tela será bloqueada. Você ainda terá que digitar sua senha quando voltar para o seu computador, mas seus itens de inicialização terão carregado.