Você não pode mapear o DOS "c:" para o Cygwin "/". O Cygwin precisa de seu próprio diretório raiz para ser a raiz. Você poderia mapeá-lo para "/ c" se você quisesse. Como esta solução não funciona, por que não postar o problema que você está tendo com "alguns programas", o que provavelmente pode ser resolvido? Também seria bom nomear os programas.