O problema é provável em seus cabos. O 1000BASE-T (gigabit ethernet no UTP) requer que todos os quatro pares de fios no cabo sejam conectados corretamente. Se não estiverem, a negociação automática fará com que a interface desça para 100BASE-TX (fast ethernet no UTP).
Se mesmo um dos dois cabos que conectam os dois computadores 1000BASE-T não estiverem corretos, os dois PCs só poderão se comunicar uns com os outros a 100 Mbps.