A razão para isso acontecer é porque ainda há um trabalho parado aberto nessa janela de terminal (duh!). Normalmente, isso acontece quando um programa é executado e suspenso (com ctrl z ).
Para obter uma lista dessas tarefas, use o comando jobs no terminal e use fg para reviver cada uma dessas tarefas e encerrá-las corretamente. Feito isso, o terminal pode ser exit ed normalmente.
É claro que uma solução mais simples (não uma que eu aconselho, no entanto) seria simplesmente fechar o terminal com o mouse, ignorando qualquer mensagem de aviso.
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