Você pode instalar um plugin para o KeePass2 para executá-lo com o ícone do indicador. Primeiro você precisa adicionar este PPA :
sudo apt-add-repository ppa:dlech/keepass2-plugins
Então você precisa atualizar com o novo PPA:
sudo apt-get update
E finalmente instale o plug-in:
sudo apt-get install keepass2-plugin-application-indicator
A partir de agora, quando você iniciar o KeePass2, ele irá carregar este plugin e mostrar o ícone do KeePass na barra da bandeja. Eu testei no Xubuntu 14 e funciona perfeitamente. Todo o crédito vai para esse cara: link