Eu tive um problema semelhante em um laptop de colegas. Eu até removi o compiz (apt-get remove compiz). O bug ainda era aparente na unidade (flickkering, aparecer / reaparecer em segundo plano) sem telas borradas desde que nenhum texto, porque após o login nada começou: sem barras de ferramentas, sem ícones, sem menus. Depois de um "apt-get purge compiz" e uma reinicialização, o Unity se comportou normal novamente.
Não tenho ideia do que foi a verdadeira causa ou solução. Eu nem precisei reinstalar o compiz ou a unidade.