Este é um bug conhecido em 12.10, mas pode ser exacerbado pelo subsistema de gráficos em sua placa-mãe, supondo que você tenha uma placa-mãe com gráficos integrados da ponte norte do chipset.
Parece que o erro é causado por algum tipo de desconexão entre o Unity e determinado hardware gráfico. Muitas pessoas estão encontrando esse bug.
A resposta curta é que você precisa voltar para o 12.04. Quando desisti de 12,10 e voltei para 12,04, não recebi mais esse erro. Alguém em outro tópico sugeriu que o uso de gráficos 2D em 12.04 resolveria o problema do compiz, mas não tive problemas com o 3D em 12.04, na verdade, o 2D não funcionou corretamente.
O que não fez diferença:
Aumentando a memória gráfica compartilhada: Ainda temos o erro em 12,10, mas não em 12,04. Usando 2D em 12.04: Na verdade não funcionou, os gráficos estavam todos malucos.
Este erro ocorre apenas com certas placas gráficas.