Apenas imagine a unidade inteira - ela fará backup de tudo, e o software de imagem mais decente deve permitir que você faça algum tipo de compactação. Você pode montar a unidade diretamente e retirar os arquivos.
Existe um lote de diferentes opções, mas disk2vhd parece a opção "mais simples", já que versões modernas de janelas suportam VHD nativamente. A imagem levaria o espaço ocupado pelo conteúdo da unidade e você pode pegar arquivos fora dele no lazer. Eu não acho que haja qualquer opção de compressão, mas a facilidade de montagem compensa isso.
Da mesma forma, o software de backup mais decente permite montar um backup. Eu usei macrium refletem livre para isto, mas acronis ou qualquer outro software de backup comum que faz imagens o deixariam fazer isto também.