Adicione isso ao seu .Xdefaults
URxvt.keysym.Control-Up: 3[1;5A
URxvt.keysym.Control-Down: 3[1;5B
URxvt.keysym.Control-Left: 3[1;5D
URxvt.keysym.Control-Right: 3[1;5C
O URxvt agora enviará as mesmas sequências de escape que o XTerm.
Isso fará com que o salto de palavra funcione mesmo quando você estiver conectado a um maching remoto com seu próprio .inputrc
usando SSH.
Para tornar o ato do urxvt mais parecido com o xterm, consulte o link