Você pode usar qualquer comando CMD.EXE padrão em sua definição de macro. O comando IF pode testar se você tem pelo menos um parâmetro ultrapassado e se ramificar de acordo.
doskey s=if $1. equ . ("C:\Program Files (x86)\Git\bin\sh.exe" --login) else "C:\Program Files (x86)\Git\bin\sh.exe" --login -c "$*"