Se você estiver usando o Compiz, você pode entrar no CompizConfig Setting Manager, habilitar o plugin Windows Rules e adicionar algo como class=Gnome-terminal
em "Above" para fazer com que todas as janelas do Gnome Terminal fiquem no topo. (Você pode clicar no botão + e usar o recurso grab para descobrir o nome da classe para vários aplicativos, se não for óbvio).
Ubuntu 16.10
Certifique-se de instalar compiz-plugin
.