Resposta rápida: o código-fonte Java em arquivos .java é compilado em arquivos .class que contêm o código de byte Java. Estes são empacotados em um único arquivo .jar. O HTML da página da Web inclui uma referência a este arquivo jar. O navegador busca o jar, ativa a Java Virtual Machine (JVM) instalada localmente e entrega os dados do arquivo jar. A JVM então faz a compilação Just-In-Time (JIT) do código de bytes para o código nativo, conforme necessário.
A Oracle forneceu algumas informações sobre o lançamento do Applet .