Faça uma lista de todos os arquivos em B, digamos com o comando find , indo para aquela unidade e executando:
$ find . > files-on-b.xt
Então, quando você rsync de A para C, especifique essa lista no parâmetro --exclude-from :
$ rsync -avz --exclude-from=files-on-b.txt A C
Você pode precisar usar os prefixos na lista para garantir que corresponda ao diretório format / relative que o rsync está esperando de uma lista de exclusão. Sempre é uma boa ideia executar o rsync com a opção -n para ver o que está prestes a fazer sem realmente fazer isso.
Veja a página de manual do rsync e esta útil postagem no blog para saber mais sobre --exclude-from .