Acabei de ter este problema em que uma janela perderia o foco a cada 5 segundos por uma fração de segundo. Para jogos em que o som é desativado quando o jogo não está em foco, é super maluco.
O problema para mim foi o Agente de Tecnologia Intel Smart Connect que não estava conectado a partir da minha nova placa-mãe MSI (z87-g45). Desinstalar isso corrigiu imediatamente.
Mesmo que não seja o mesmo programa fazendo isso, pode ser uma coisa semelhante em que ele gera um erro a cada X segundos. Verifique o visualizador de eventos em seu Painel de Controle \ Sistema e Segurança \ Ferramentas Administrativas e veja o que há nos Logs do Windows - > Sistema. Foi aí que encontrei meu culpado.