Ele armazena um mapeamento entre letras minúsculas e letras maiúsculas (para fornecer insensibilidade a maiúsculas e minúsculas). Detalhes aqui: link
E este pode ser aplicado mais especificamente a você: link e links para este MSKB artigo: Mensagem de erro ao executar o Chkdsk.exe em um computador com base no Windows XP ou no Windows Server 2003: “Corrigindo erros em o arquivo em maiúsculas ”