Você pode tentar dar uma chance ao comando taskkill:
taskkill /f /im program_name.exe
Embora eu acredite que use o mesmo método para matar processos como o Gerenciador de Tarefas. Vale um tiro antes de procurar as ferramentas de terceiros.
Se você tiver interesse em outros programas, descobri que Gerenciador de processos da Sysinternals às vezes pode matar coisas que o Gerenciador de Tarefas não pode. Há também uma ferramenta bacana chamada PsKill , que eu usei para matar alguns processos que a Task Gerente não faria.
Quais processos você está tentando matar? O Windows impedirá que você mate certos serviços por questões de estabilidade.