O pipe configura um subshell. Quando o subshell sai, as variáveis são perdidas.
Tente isto:
source setenv < vars.txt
Além disso, suas aspas simples podem impedir a expansão da variável (não sei se isso é verdadeiro em MSYS). Tente alterar a linha export
para isso:
export $var="$value"
Você pode usar declare
em vez de export
se as variáveis não precisarem ser exportadas.