O NTFS tornou-se muito mais um sistema de arquivos "journalling" aparentemente durante a vida útil do Windows XP e adotou vários recursos que tornam o chkdsk desnecessário. Juntas, essas tecnologias significam que executar o chkdsk é amplamente desnecessário, pois o estado do sistema de arquivos é muito mais fácil e rápido (por exemplo, pode ser feito rapidamente durante a inicialização) para determinar e restaurar um estado "em bom estado".
O Windows Vista introduz o NTFS Transacional, que parece ser, em princípio, semelhante a um sistema de arquivos com suporte, no qual eventos específicos do tipo disco de verificação devem ser raros ou desnecessários. Essencialmente, quando o sistema de arquivos é montado, é fácil para o motorista descobrir o que aconteceu antes da falha de energia e determinar rapidamente se deve reverter, avançar ou simplesmente descartar as alterações.
(Acredito que as principais mudanças apareceram no Vista, já que não vi o chkdsk rodando na inicialização desde que ele saiu do XP)
Como mencionado nos comentários, há casos em que esses sistemas não protegem você e é totalmente possível que seu sistema seja corrompido até o ponto em que o chkdsk é necessário, especialmente ao usar sistemas de arquivos não suporta esses recursos avançados, como o sistema de arquivos FAT usado em cartões de memória Flash. Esses recursos existem para reduzir a frequência com que o chkdsk é necessário durante a inicialização, facilitando a determinação do estado do sistema de arquivos antes do desligamento inesperado.
Como nota lateral, comecei a redimensionar um disco usando o console de gerenciamento de disco, percebi que tinha que desligar a máquina de tamanho médio, já que demorava muito tempo. Presumi que estava em um ponto em que a perda de dados era garantida, mas quando reiniciei, descobri que tudo estava perfeitamente em sintonia, do jeito que era antes e nada estava corrompido ou faltando. Eu não recomendo tentar isso em casa, como você poderia perder tudo, mas "yay" para a Microsoft me protegendo contra a minha própria estupidez.
Da Wikipedia:
NTFS is a Journaling file system and uses the NTFS Log ($LogFile) to record metadata changes to the volume.
It is a critical functionality of NTFS (a feature that FAT/FAT32 does not provide) for ensuring that its internal complex data structures (notably the volume allocation bitmap, or data moves performed by the defragmentation API, the modifications to MFT records such as moves of some variable-length attributes stored in MFT records and attribute lists), and indices (for directories and security descriptors) will remain consistent in case of system crashes, and allow easy rollback of uncommitted changes to these critical data structures when the volume is remounted.
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As of Windows Vista, applications can use Transactional NTFS to group changes to files together into a transaction. The transaction will guarantee that all changes happen, or none of them do, and it will guarantee that applications outside the transaction will not see the changes until they are committed.
It uses similar techniques as those used for Volume Shadow Copies (i.e. copy-on-write) to ensure that overwritten data can be safely rolled back, and a CLFS log to mark the transactions that have still not been committed, or those that have been committed but still not fully applied (in case of system crash during a commit by one of the participants).