Você não especificou um tipo de script (VBS vs. BAT), mas aqui está um script VB independente do sistema. Não meu roteiro, eu o coloquei deste site da Microsoft . De acordo com essa página, verificou-se que funciona no Windows 2000, XP, Vista e 7.
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' This VB script removes the requested desktop shortcuts
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' Change only the file name (test.lnk)
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' Script created by Holger Habermehl. October 23, 2012
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Set Shell = CreateObject("WScript.Shell")
Set FSO = CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
DesktopPath = Shell.SpecialFolders("Desktop")
FSO.DeleteFile DesktopPath & "\test.lnk"
EDITAR
O código acima irá olhar para o desktop do usuário específico (ou seja, o usuário "john" faz o login, o código irá olhar para "C: \ Users \ john \ Desktop \" ou "C: \ Documents and Settings \ john \ Desktop" "). Se você quiser verificar a área de trabalho pública, altere a linha que lê
DesktopPath = Shell.SpecialFolders("Desktop")
para
DesktopPath = Shell.SpecialFolders("AllUsersDesktop")
Mas observe que, dependendo dos privilégios do usuário e quando você executa o script, eles podem obter uma caixa UAC solicitando a entrada como administrador no Windows Vista / 7. Eu executei o script em um GPO como um script de inicialização do computador.