believe MyISAM to be the defualt. Is there a way to check this first of all?
Sim, é só olhar em my.ini (ou my.cnf) e procurar por myisam ou innodb ou engine. Se nada for especificado, verifique no site mysql o padrão para sua versão do mysql.
Você pode descobrir como as tabelas foram criadas com o comando SHOW TABLE STATUS
e procurar o mecanismo na saída.
does anyone know any good resources/guides for converting a DB from one engine to another?
A maneira mais simples que eu conheço é apenas o banco de dados atual do mysqldump, então abra o arquivo despejado e substitua todo o myisam pelo innodb. Em seguida, elimine o banco de dados antigo, crie um novo e importe do despejo modificado.
PS: os mecanismos estão no nível de tabela não no nível do banco de dados!